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DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为中心,寻找与该序列结合的蛋白质,最常见的应用是寻找某特定基因启动子区域的转录因子。 钟鼎生物自建立起DNA pull down技术服务平台以来,累计完成数十例项目。我们可为您提供1对1实验思路设计,配套质谱检测、生信分析让您拥有一站式服务体验,酵母单杂交、EMSA等上下游实验为文章数据添砖加瓦。 DNA Pull down技术原理先将含脱硫生物素的DNA pull down探针结合到链霉亲和素Beads上,再将DNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样DNA结合蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后,再用洗脱液将DNA结合蛋白从Beads洗脱下来,得到DNA pull down产物。DNA-protein复合物既可以做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合,又可以做质谱鉴定筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息(如具体某个或某些转录因子/组蛋白等)。
![]() 建议选择顺丰快递,干冰运输,以避免样本降解。为保证样品及时处理,请避免样品在周末或法定节假日到达实验室。请在送样前与您的客户经理沟通样品送达时间。实验样品剩余样品钟鼎生物默认不做返还,请您注意保留备份。如需返还务必请在实验开展前书面说明并通知销售经理,且样品返还可能会产生额外的运输费用。希望得到您的理解! 样品类型 样品量 运输标准 注意事项 细胞样品 5*107个/份 干冰运输 悬浮细胞常温离心(1000-1500 rpm,5 min),常温离心收集细胞。贴壁细胞用胰蛋白酶消化后,吹打收集,PBS洗涤细胞,去除多余培养基和胰蛋白酶。开盖液氮速冻15 min,-80℃保存。 组织样品 >2g 干冰运输 用解剖刀等迅速切成小碎块,约200 mg,放入2.0 ml离心管中,开盖液氮速冻15 min,-80℃保存。 注:解剖刀处理组织的时间尽量控制在1min以内。 液氮速冻是必须开盖,以防炸裂。 核蛋白 >0.5mg/ml 干冰运输 核蛋白最少需要总量300ug,如果客户想做更多实验组,根据每组100ug往上加量 案例展示1 标记探针电泳分析 标记后PCR产物进行1%琼脂糖凝胶电泳分析,探针成功标记后分子量增加,电泳条带滞后。结果如下所示: ![]() 图1. 探针电泳检测 Fig.1 Evaluation of PCR-labeled probes by electrophoresis Lane M:DL2000 Plus DNA Marker (从上到下:2000,1000,750,500,250,100) Lane 1:Biotin-11-dUTP标记的探针 Lane 2:对照的DNA探针 2 SDS-PAGE检测分析 ![]() 图2. SDS-PAGE检测分析图 Fig.2 SDS-PAGE detection analysis Lane M: Protein Marker Lane 1: 探针+Bioeast Mag-SA Lane 2: Biotin-11-dUTP标记的探针+Bioeast Mag-SA Lane 3: 探针+Bioeast Mag-SA+核蛋白 Lane 4: Biotin-11-dUTP标记的探针+Bioeast Mag-SA+核蛋白 Lane 5: Bioeast Mag-SA+核蛋白 通过SDS-PAGE银染结果检测,发现Biotin-11-dUTP标记的探针与核蛋白有明显互作,如需要进一步确认,建议进行后续的LC-MS鉴定。 3.生信分析 ![]() 图4 GO功能注释和分类 ![]() 图5 KEGG Pathway通路注释和分类 ![]() 图6 String蛋白质互作网络分析 相关服务 建库筛库 酵母单杂交 凝胶/电泳迁移率实验 EMSA Chip-seq替代 DAP-seq 定量判断结合亲和力 MST微量热泳动猜您想看: DNA pull down案例:一起来看看我们是如何做DNA pull down实验的 DNA pull down常见问题:探针如何设计?对照组如何设置?有哪些应用背景 |
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